Pada babak kedua, situasi belum berubah. Jepang yang mempertontonkan kepiawaian teknik dan taktik mampu melesakkan gol ketiga pada menit ke-49 melalui gelandang Sporting CP Hidemasa Morita. Morita mampu memanfaatkan kesalahan koordinasi di lini pertahanan Indonesia.
Skuad Indonesia mendapatkan beberapa kesempatan setelahnya lewat tendangan Calvin Verdonk, Jay Idzes dan Nathan Tjoe A On, tetapi semuanya tidak menemui gawang.
Jepang yang terus mengontrol jalannya laga sukses sukses meraup gol keempat dari tendangan bek kanan klub Southampton, Yukinara Sugawara pada menit ke-69. Jepang pun memastikan kemenangan 4-0 atas Indonesia.
Kekalahan dari Jepang membuat Indonesia kini berada di dasar klasemen Grup C dengan koleksi tiga poin dari lima pertandingan.
Sementara Jepang kokoh bertengger di puncak klasemen dengan 13 poin dari lima laga.
Berikutnya pada laga lanjutan Grup C, Indonesia akan menghadapi Arab Saudi di SUGBK, Jakarta, pada 19 November. Pada hari yang sama, Jepang bertarung kontra tuan rumah China di Stadion Xiamen Egret Xiamen.
Berikut susunan pemain kedua tim:
Indonesia: Maarten Paes-kiper, Jay Idzes (kapten), Rizki Ridho, Justin Hubner, Kevin Diks (41', Sandy Walsh), Thom Haye (76', Jordi Amat), Nathan Tjoe A On (76', Marselino Ferdinan), Calvin Verdonk, Yakob Sayuri (62', Pratama Arhan), Ragnar Oratmangoen (76', Witan Sulaeman), Rafael Struick.