Kiprah Saifuddin Zuhri di PBNU sangatlah moncer. Ia dikenal sebagai salah satu tangan kanan KH Wahid Hasyim. Kecerdasannya dalam berorganisasi membuatnya dipercaya menjabat sebagai Sekretaris Jenderal PBNU. Namun, pengaruhnya paling terasa saat ia memimpin surat kabar Duta Masyarakat.
Sebagai pemimpin redaksi, Saifuddin menggunakan pena sebagai senjata. Ia adalah jurnalis yang tajam namun santun. Melalui kolom-kolomnya, ia menyuarakan aspirasi umat Islam dan mengawal arah politik bangsa di masa Orde Lama.
Bagi Saifuddin, media bukan sekadar alat propaganda, melainkan sarana edukasi politik bagi warga Nahdliyin dan bangsa Indonesia secara luas.
Menjadi Menteri di Era Penuh Gejolak
Pada 1962, Presiden Soekarno memanggilnya. Di tengah situasi politik yang memanas akibat konfrontasi dan dinamika ideologi, Saifuddin Zuhri ditunjuk sebagai Menteri Agama ke-10, menggantikan KH Wahib Wahab.
Selama masa jabatannya (1962–1967), ia melahirkan berbagai kebijakan fundamental. Salah satu yang paling membekas adalah perannya dalam memperkuat institusi pendidikan Islam.
Ia menjadi motor penggerak pengembangan IAIN (sekarang UIN) di berbagai daerah, memastikan bahwa santri harus memiliki akses pendidikan tinggi yang setara dengan pendidikan umum.
Ia juga dikenal sangat tertib dalam mengelola urusan Hajj, sebuah tugas berat yang selalu menjadi sorotan publik. Namun, di atas semua pencapaian birokratis itu, etika pribadinyalah yang paling bersinar.