Berdasarkan surat tuntutan, Jaksa Penuntut Umum (JPU) Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menyebut Rafael Alun Trisambodo bersama istrinya Ernie Meike Torondek menerima gratifikasi sebesar Rp18.994.806.137,00 secara bertahap sejak bulan Mei 2002 hingga Maret 2013.
Selain itu, Rafael Alun juga disebut melakukan penerimaan lain yang berkaitan dengan jabatannya sebagai PNS di Direktorat Jenderal Pajak Kementerian Keuangan dengan total Rp47,7 miliar, 2.098.365 dolar Singapura, 937.900 dolar AS, dan 9.800 euro.
Tidak hanya gratifikasi, jaksa meyakini Rafael Alun melakukan TPPU melalui pembelian sejumlah aset berupa tanah, bangunan, hingga mobil.