Satgas diketuai oleh Menteri Investasi/Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal (BKPM) dengan Wakil Ketua Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan (LHK) serta Menteri Agraria dan Tata Ruang (ATR)/Kepala Badan Pertanahan Nasional (BPN).
Selain ketua dan wakil ketua, struktur organisasi Satgas juga terdiri atas anggota, anggota pelaksana, dan sekretariat. Gubernur Papua Selatan dan Bupati Merauke termasuk ke dalam anggota pelaksana.
