Akan tetapi metode konservatif seperti itu mengandung banyak kekurangan. Di antaranya, metode konservatif dalam pendidikan yang dicirikan dengan ketaatan tinggi lebih banyak memberikan "teror" mental kepada anak didik. Pendidikan dinilai hanya menjadi beban bagi para siswa. Alih-alih menyenangkan, sekolah justru menjadi dunia yang menakutkan dan membosankan bagi anak didik. Masalah ini yang dulu dikritik keras oleh masyarakat.
Kekurangan lainnya, masih berdasarkan kritik masyarakat, pendidikan konvensional-konservatif hanya mengejar nilai di atas kertas dan cenderung mengabaikan karakter. Dampaknya, banyak siswa yang nilainya di atas kertas bagus tetapi karakternya buruk.
Selain itu, juga tak luput dari kritik masyarakat, karena menekankan standarisasi nasional, metode konservatif cenderung menyamakan potensi-potensi anak didik di berbagai daerah, padahal setiap anak didik ini memiliki potensi, kecenderungan dan kemampuan yang berbeda-beda.
Maka, demi mengakomodir kritik masyarakat soal pendidikan konvensional-konservatif itu, diterapkanlah sistem Merdeka Belajar. Jadi, substansi kebijakan Merdeka Belajar itu sebenarnya juga dibangun berdasarkan masukan dan kritik masyarakat, bukan semata-mata keinginan Kemendikbudristek.