Bagi Amerika Serikat, kegagalan mendukung PRRI–Permesta menjadi pelajaran penting dalam kebijakan luar negerinya terhadap Indonesia. Hubungan diplomatik Indonesia–Amerika Serikat sempat memburuk, terutama setelah Soekarno secara terbuka mengecam intervensi asing dalam urusan domestik Indonesia
.Dalam historiografi Indonesia, PRRI dan Permesta tidak dicatat sebagai gerakan protes damai, melainkan sebagai pemberontakan bersenjata yang memperoleh dukungan asing. Fakta keterlibatan CIA kini diakui secara luas oleh sejarawan, baik di dalam maupun luar negeri, berdasarkan arsip resmi yang telah dibuka.
Peristiwa ini menjadi pengingat bahwa konflik internal Indonesia pada masa awal kemerdekaan tidak dapat dilepaskan dari dinamika politik global Perang Dingin, di mana kepentingan negara besar turut memainkan peran dalam pergolakan di dalam negeri.
