Muhammad Azhari dalam penelitiannya pada 2017 berjudul “Sikap dan Pandangan Kolonel Alex Evert Kawilarang terhadap Perjuangan Rakyat Semesta” menyebutkan bahwa Kawilarang hanya menunjukkan sikap dukungannya terhadap Permesta. Sementara sikapnya terhadap PRRI cenderung tidak suka karena PRRI sarat akan muatan politik. Kawilarang memandang Permesta sebatas sebuah perjuangan rakyat di daerah yang berjuang meminta hak-hak atas diri mereka masing-masing. Sikap dan pandangannya terhadap Permesta murni karena panggilan hati membela tanah leluhurnya, bukan karena jabatan, politik, maupun kepentingan pribadi.
Karena pandangan itu pula, AE Kawilarang tidak langsung dipecat secara tidak hormat seperti rekan-rekan TNI yang bergabung dalam Permesta/PRRI.
Pada 11 April 1961, Kawilarang bersedia melakukan gencatan senjata dan menyatakan kesanggupannya untuk mengembalikan semua orang eks Permesta ke pangkuan Republik Indonesia.
Dalam buku "Inga… Inga Permesta Pe Perjuangan" (Benny Tengker, 2009) dijelaskan bagaimana sikap Kawilarang bersedia “menyerah” kepada Nasution bukan karena dia takut. Tetapi ia mampu membedakan mana yang lebih penting di atas segala yang terpenting. Bagi Kawilarang, kepentingan bangsa adalah di atas segalanya.
Presiden Soekarno pada 22 Juni 1961 menerbitkan dekrit yang berisi pemberian amnesti kepada AE Kawilarang dan para pengikutnya yang telah menerima seruan kembali ke pangkuan RI.
