Namun, pengampunan dari pemerintah bukan berarti Kawilarang kembali ke TNI. Bahkan, ia mengatakan dalam biografinya bahwa kehidupannya sebagai seorang tentara telah berakhir sejak 1958.
Saat usianya mencapai kepala tujuh pada paruh pertama 1990 Kawilarang divonis menderita kanker dan selama satu tahun dirawat di rumah sakit. “Saya dengar ada beberapa orang yang dulu bawahan saya yang lapor kepada Presiden (Soeharto),” kenang dia.
Karena mengira hidupnya tidak bakal lama lagi, panitia negara segera mengurus penyerahan Bintang Gerilya untuk Kawilarang. Seremoninya pun berlangsung di rumah sakit.
"Dipikir ini orang sudah mau mati. Maka diberikan Bintang Gerilya. Jadi dapat Bintang Gerilya masih di rumah sakit." Kawilarang membagikan kenangan itu dalam wawancaranya yang dimuat di majalah Mutiara, No. 838, 12–18 November 1996.
Pada 1999 Kopassus memberikan penghargaan kepadanya sebagai anggota kehormatan Korps Baret Merah saat peringatan ulang tahun ke-47 pasukan komando itu.
Alex Kawilarang meninggal dunia pada 6 Juni 2000 di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo, Jakarta, dalam usia 80 tahun. Jenazahnya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Cikutra di Bandung.
